Colaboración para Mejorar la Clasificación de Variantes Genéticas en Cáncer Hereditario
La colaboración entre múltiples entidades científicas y médicas ha dado lugar a una innovadora iniciativa destinada a mejorar la clasificación de variantes genéticas que predisponen al cáncer hereditario. Este esfuerzo ha culminado en la creación de SpadaHC, la SPAnish DAtabase for Hereditary Cancer, una plataforma promovida por el Centro de Investigación Biomédica en Red (CIBER) a través de su área de Cáncer (CIBERONC). Entre los participantes se encuentran investigadores del Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (IDIBELL) y del Instituto Catalán de Oncología (ICO), así como la Sociedad Española de Genética Humana (AEGH), la Sociedad Española de Oncología Médica (SEOM) y actualmente 20 centros de investigación y hospitales españoles.
Relevancia de la Clasificación de Variantes Genéticas
La clasificación de variantes genéticas es crucial para la toma de decisiones clínicas en pacientes con sospecha de cáncer hereditario, ya que impacta tanto en el paciente como en sus familiares. Una evaluación precisa del riesgo de cáncer, recomendaciones de seguimiento, asesoramiento reproductivo y tratamientos personalizados son posibles gracias a una correcta clasificación de estas variantes. Clasificar variantes genéticas es un desafío complejo que requiere integrar información de diversas fuentes, desde herramientas bioinformáticas hasta estudios genéticos realizados entre los familiares.
En España, muchos laboratorios de diagnóstico genético detectan y clasifican estas variantes. Sin embargo, hasta ahora no existía una herramienta que facilitara compartir la información relativa a estas variantes. Como solución, nace SpadaHC, una plataforma web que permite a los laboratorios españoles de diagnóstico genético compartir datos de variantes en genes de cáncer hereditario, lo que promueve la homogeneidad en la clasificación de variantes entre laboratorios.
Funcionalidades de SpadaHC
SpadaHC permite que los laboratorios contribuyan tanto con clasificaciones de variantes genéticas como con las variantes de individuos en formato VCF (Variant Call Format), utilizado para almacenar información detallada sobre las variaciones genéticas observadas en individuos. Estas variantes se obtienen mediante la técnica avanzada de secunciación masiva NGS (Next-Generation Sequencing), que proporciona una lectura detallada y eficiente del ADN, permitiendo así una mejor comprensión y gestión de la predisposición genética al cáncer.
José Marcos Moreno-Cabrera, primer autor del estudio y responsable del desarrollo de SpadaHC en el IDIBELL, enumera algunas de las funcionalidades más destacadas de la herramienta. Entre ellas, resalta «el sistema de notificaciones automáticas que avisa cuando una variante de interés es clasificada por otro laboratorio. Esto facilita la identificación rápida de posibles discrepancias. Además, SpadaHC posee dos niveles de acceso a los datos – abierto y restringido – para proteger la información sensible de los pacientes, un sistema flexible de envío de variantes que se adapta al formato específico de cada laboratorio, múltiples opciones para explorar los datos y el cómputo de las frecuencias poblacionales de cada variante en los pacientes de SpadaHC.»
Impacto y Alcance de SpadaHC
Desde su lanzamiento en mayo de 2023, 20 laboratorios pertenecientes a 18 centros españoles se han unido a SpadaHC, y otros 11 se encuentran en proceso de adhesión. En julio de 2024, SpadaHC ya almacena 1,17 millones de variantes de 4306 pacientes, junto con 16588 clasificaciones enviadas por los laboratorios. Anna Bigas, directora de CIBERONC, destaca que este esfuerzo ya está impactando en el manejo de estos pacientes y sus familias.
Un primer ejemplo de este impacto fue el trabajo que permitió identificar 84 variantes genéticas cuyas clasificaciones tenían discrepancias clínicamente relevantes entre laboratorios. Estas discrepancias se resolvieron mediante una estrategia de resolución en tres fases explicada en el mencionado artículo.
Conxi Lázaro y Gabriel Capellá, coordinadores de SpadaHC e investigadores del CIBERONC en el IDIBELL y el ICO, coinciden en que «estos resultados demuestran el valor de la plataforma para promover la homogeneidad en la clasificación de variantes entre laboratorios.»
